Bruno Correia

J. Wang, S. Lisanza, D. Juergens, D. Tischer, J. L. Watson, K. M. Castro, R. Ragotte, A. Saragovi, L. F. Milles, M. Baek, I. Anishchenko, W. Yang, D. R. Hicks, M. Expòsit, T. Schlichthaerle, J. Chun, J. Dauparas, N. Bennett, B. I. M. Wicky, A. Muenks, F. DiMaio, B. Correia, S. Ovchinnikov, D. Baker “Scaffolding protein functional sites using deep learning“ Science 2022. [DOI]

A. Marchand, A. K. Van Hall-Beauvais, B. Correia “Computational design of novel protein–protein interactions – An overview on methodological approaches and applications“ Curr. Opin. Struct. Biol. 2022. [DOI]

A. Scheck, S. Rosset, M. Defferrard, A. Loukas, J. Bonet, P. Vandergheynst, B. Correia “RosettaSurf—A surface-centric computational design approach“ PLoS Comput. Biol. 2022. [DOI]

S. Shui, P. Gainza, L. Scheller, C. Yang, Y. Kurumida, S. Rosset, S. Georgeon, R. B. Di Roberto, R. Castellanos-Rueda, S. Reddy, B. Correia “A rational blueprint for the design of chemically-controlled protein switches“ Nat. Commun. 2021. [DOI]

D. M. Mason, S. Friedensohn, C. R. Weber, C. Jordi, B. Wagner, S. M. Meng, R. A. Ehling, L. Bonati, J. Dahinden, P. Gainza, B. Correia, S. Reddy “Optimization of Therapeutic Antibodies by Predicting Antigen Specificity from Antibody Sequence Via Deep Learning“ Nat. Biomed. Eng. 2021. [DOI]

C. Yang, F. Sesterhenn, J. Bonet, E. A. van Aalen, L. Scheller, L. A. Abriata, J. T. Cramer, X. Wen, S. Rosset, S. Georgeon, T. Jardetzky, T. Krey, M. Fussenegger, M. Merkx, B. Correia “Bottom-up de novo design of functional proteins with complex structural features“ Nat. Chem. Biol. 2021. [DOI]

J. K. Leman, B. D. Weitzner, S. M. Lewis, J. Adolf-Bryfogle, N. Alam, R. F. Alford, M. Aprahamian, D. Baker, K. A. Barlow, P. Barth, B. Basanta, B. J. Bender, K. Blacklock, J. Bonet, S. E. Boyken, P. Bradley, C. Bystroff, P. Conway, S. Cooper, B. Correia, B. Coventry, R. Das, R. M. De Jong, F. DiMaio, L. Dsilva, R. Dunbrack, A. S. Ford, B. Frenz, D. Y. Fu, C. Geniesse, L. Goldschmidt, R. Gowthaman, J. J. Gray, D. Gront, S. Guffy, S. Horowitz, P. Huang, T. Huber, T. M. Jacobs, J. R. Jeliazkov, D. K. Johnson, K. Kappel, J. Karanicolas, H. Khakzad, K. R. Khar, S. D. Khare, F. Khatib, A. Khramushin, I. C. King, R. Kleffner, B. Koepnick, T. Kortemme, G. Kuenze, B. Kuhlman, D. Kuroda, J. W. Labonte, J. K. Lai, G. Lapidoth, A. Leaver-Fay, S. Lindert, T. Linsky, N. London, J. H. Lubin, S. Lyskov, J. Maguire, L. Malmström, E. Marcos, O. Marcu, N. A. Marze, J. Meiler, R. Moretti, V. K. Mulligan, S. Nerli, C. Norn, S. Ó’Conchúir, N. Ollikainen, S. Ovchinnikov, M. S. Pacella, X. Pan, H. Park, R. E. Pavlovicz, M. Pethe, B. G. Pierce, K. B. Pilla, B. Raveh, P. D. Renfrew, S. S. R. Burman, A. Rubenstein, M. F. Sauer, A. Scheck, W. Schief, O. Schueler-Furman, Y. Sedan, A. M. Sevy, N. G. Sgourakis, L. Shi, J. B. Siegel, D. Silva, S. Smith, Y. Song, A. Stein, M. Szegedy, F. D. Teets, S. B. Thyme, R. Y. Wang, A. Watkins, L. Zimmerman, R. Bonneau “Macromolecular modeling and design in Rosetta: recent methods and frameworks“ Nat. Methods 2020. [DOI]

G. Giordano-Attianese, P. Gainza, E. Gray-Gaillard, E. Cribioli, S. Shui, S. Kim, M. Kwak, S. Vollers, A. D. J. Corria Osorio, P. Reichenbach, J. Bonet, B. Oh, M. Irving, G. Coukos, B. Correia “A computationally designed chimeric antigen receptor provides a small-molecule safety switch for T-cell therapy“ Nat. Biotechnol. 2020. [DOI]

P. Gainza, F. Sverrisson, F. Monti, E. Rodolà, D. Boscaini, M. M. Bronstein, B. Correia “Deciphering interaction fingerprints from protein molecular surfaces using geometric deep learning“ Nat. Methods 2019. [DOI]